在快速工业化、城镇化过程中，农业土地转化为非农业用地是不可避免的，任何一个国家都要经历这样的过程。但是由于我国土地征用及补偿制度还不完善，对农民权益造成很大损害，因征地补偿而引发的社会矛盾也越演越烈。因此，在征地制度改革中如何维护好农民的合法权益，是个十分重要而紧迫的问题。
　　概括起来，我国征地制度存在的问题突出表现在以下几个方面：一是土地农转非速度太快，土地征占规模过大，失地农民群体越来越多。除了大中型基础设施建设，非农建设占用耕地主要集中在城郊和人多地少的经济发达地区，这些地区一般人均耕地不足0.7亩。目前，全国非农建设占用耕地每年约250万～300万亩，如果按人均1亩地推算，那就意味着每年大约有250万到300万农民失去土地，变成失地农民。二是对政府的征地行为缺乏有效约束，土地征用范围过宽。我国宪法与土地管理法明确规定，国家为公共利益的需要，可依法对土地实行征收征用。但我国宪法和相关法律都未对公共利益做出明确的界定。征地中公益性建设用地和经营性建设用地不分，征地范围模糊不清，大量经营性、商业性用地也都打着公共利益的名义进行征地。三是对失地农民补偿太低，不足以解决他们的长远生计。我国土地管理法规定的征收土地补偿费、劳动力安置补助费都是按照被征收土地前三年的平均年产值计算的，而与被征地的区位、经济社会发展水平、土地供求状况等地价因素以及土地征用后的用途和市场价值无关，显然极不合理。四是失地农民再就业难，生活水平难提高，社会保障程度低。
　　为了解决征地制度中存在的种种问题，确保农民的合法权益不受侵犯，党的十七届三中全会提出要改革征地制度、完善征地补偿机制，重点是要做好以下工作：
　　首先，严格界定公益性和经营性建设用地，逐步缩小征地范围。在大多数市场经济国家的法律中，都对政府征用土地的权力范围进行严格限制，土地征用必须满足两个基本条件：公益目的和公正补偿。在多数国家和地区，工商业等营利性用地只能通过购买获得。土地出售的价格和相关赔偿条款也必须经由双方当事人之间协商达成，政府不能利用国家或政府的强制力专门为一般营利企业去取得土地。政府只有为“公共目的”才能动用强制性的征地权。由于对“公共目的”解释的不确定性，在我国存在着对土地征用权的滥用。为了防止滥用公共目的征地，对政府强制性取得土地要有严格限制，对征地目的和范围要有严格的界定。另外，要完善征地程序，保证在征用农民土地过程中土地权利人有充分的知情权和参与权。征地必须规范透明，让被征地农民参与征地过程，以保证他们对土地的使用权、处置权等得到充分尊重，利益得到有效保障。
　其次，完善征地补偿机制，依法征收农村集体建设用地，按照同地同价原则及时足额给农村集体组织和农民合理补偿，解决好被征地农民就业、住房、社会保障。从国际经验看，虽然各国土地征用补偿的具体内容和补偿标准并不一致，但是几乎所有国家的法律都要求政府必须给予被征地者公平合理的赔偿以保证被征地者原有的生活水准不下降。我国按征用土地的原用途进行补偿，以征地前耕地若干年的产值为标准，征地补偿费明显偏低，这不仅损害了农民的利益，也不利于保护耕地。为了切实保护农民利益，征地补偿必须以土地的市场价值为依据，不能以侵害农民利益为代价降低建设成本。此外，给被征地农民的补偿，应当包括对生产资料的补偿和对生活保障的补偿。农民失去土地后，客观上需要从农业转向其他行业。除去合理支付货币补偿以外，还应考虑到失地农民的长远利益。如在劳动就业方面给予就业指导、组织劳务输出，加大培训力度，提高劳动者素质和技能，为失地农民再就业创造良好的条件。从长远来看，为失地农民建立社会保障是保障失地农民权益的根本途径。政府要从土地出让收益中提取一定比例用于失地农民的社会保障，被征地的集体经济组织也应从本集体的积累资金或土地补偿费用中抽调一定的资金用于失地农民的社会保障。
　　再次，允许农民通过多种方式参与开发经营并保障农民合法权益，逐步建立城乡统一的建设用地市场。在土地利用规划确定的城镇建设用地范围外，经批准占用农村集体土地建设非公益性项目，允许农民依法通过多种方式参与开发经营并保障农民合法权益。对于依法取得的农村集体经营性建设用地，必须通过统一有形的建设用地市场、以公开规范的方式转让土地使用权，让土地所有者――农村集体经济组织与用地方直接谈判和交易，在符合规划的前提下与国有土地享有平等权益。在明晰产权、强化用途管制、严格控制总量的前提下，允许农村集体土地进入土地市场进行交易，做到“两种产权、一个市场”，统一管理，实现集体土地与国有土地同样用途、同等价格、同等收益的目标。