随着农村土地流转的活跃，农村土地流转合作社应运而生。用入社农民的话说，土地流转合作社这种形式使他们“离乡不丢地,不种有收益”；带动了一批土地流转，促进了产业化发展；促进了土地规范有序流转，加快了流转步伐；促进了新农村建设,加速了城乡统筹发展。
　　中央党校经济学教授、“三农”研究中心主任徐祥临也表示，未来一项重要的土地流转形式将是发展农民合作社，农民的农业经营活动主要依此来完成，这是世界发达国家的重要经验，也被国内很多地区的实践所证明。
　　土地流转合作社在运行过程中，因为是个新事物，也遇到了一些问题。像四川遂宁、蓬溪县，在工商局取得“身份证”的仅有天宫堂村土地流转专业合作社一家。而对于其他土地流转合作社，当地工商部门不给登记注册，理由是“现在不少土地流转合作社将土地集中起来，只是引进业主，将土地租出去，自身并不从事经营活动。这不能算一个经营实体，所以工商局不予登记。”
　　对于这一做法，我们应该进行客观分析：一方面，从严格意义上讲，没有从事生产、经营活动的实体，不能被列入合作社范畴。所以，从这一点上看，蓬溪县工商局的审慎态度不无道理。而一个真正有生命力的土地流转合作社，不应该只是一个中介机构，它应该以一种产业为支撑，调动社员以土地作价入股，同时业主出资金，发挥农民和业主双方的积极性，共同经营，根据收益进行年底分红。这样业主和农民成了一个共同体，抵抗市场风险的能力也大大增强，更能保障农民的利益。它的注册自然也就顺理成章了。
　　另一方面，以转包土地经营权为合作内容的农民专业合作社目前还在探索阶段，很多方面不成熟，各级政府应多给予支持。
　　山东枣庄就出台了支持土地流转合作社参加政策性农业保险的政策措施。所需保费财政补贴80%，其余20%由土地流转合作社承担。这对降低土地合作社经营风险，切实保障入社农户的利益起到了保障和推动作用。所以，土地流转合作社应该在争取获得各级政府支持的同时，不断完善自身，使合作社的经营不止于流转，扩大经营范围，走上规范、健康的发展道路。